Hijo de inmigrantes italianos, Francisco Cafferata nace en Buenos Aires el 28 de febrero de 1861, en la esquina de las calles Pedro de Mendoza y Martín Rodríguez, en el barrio de La Boca. Sus primeros conocimientos sobre arte los recibe de Julio Laguens. En 1877 emprende el viaje a Europa financiado por la fortuna familiar. En Florencia, donde se instala para quedarse durante ocho años, se forma con los escultores Augusto Passaglia y Urbano Lucchesi. Según José León Pagano, fue “el primer plástico argentino comentado en Europa”.
En 1883 Eduardo Schiaffino celebra ya su talento en sus Apuntes sobre el arte en Buenos Aires, después de haber visto su retrato del general Belgrano, expuesto en el salón de Adriano Rossi, y su escultura Esclavo. Esta última, que se encuentra hoy en los bosques de Palermo, es exhibida y premiada con medalla de oro en la Exposición Continental de 1882 en Buenos Aires y muy elogiada por la prensa del momento.
En 1885 el artista vuelve a Buenos Aires trayendo consigo el Monumento al Almirante Guillermo Brown. La obra se inaugura el 2 de febrero de 1886 en la localidad de Adrogué, y ha sido considerada la primera escultura pública realizada por un escultor local. Además de Belgrano y Brown, Cafferata realiza otros retratos conmemorativos, como los de Bartolomé Mitre, Mariano Moreno y Bernandino Rivadavia. Este último fue fundido en dos oportunidades para las provincias de Salta y Tucumán respectivamente.
En 1887 Cafferata contribuye con 3 obras a la exposición organizada por las Damas de Misericordia en la Bolsa de Comercio.
Tres años más tarde, el 28 de noviembre de 1890, el artista se suicida dejando inconclusa su obra Falucho, que es terminada, con algunas modificaciones, por Lucio Correa Morales. Los miembros del Ateneo le conceden una medalla póstuma en su Salón de 1894, que en esa ocasión honró también al desaparecido Graciano Mendilaharzu.
En el Museo Nacional de Bellas Artes se conserva de él un retrato realizado por Augusto Ballerini, así como sus obras La niñez de Giotto y Cabeza de esclavo. Entre sus piezas más destacadas, además de las nombradas, cabe mencionar Cabeza de mulato, bronce del Museo Castagnino de Rosario. Otras obras suyas integran el patrimonio de los museos Histórico Nacional, de Bellas Artes de La Boca “Benito Quinquela Martín” y Provincial de Bellas Artes de Mendoza.