Nace en Buenos el 1º de marzo de 1890. Abandonado por sus padres biológicos al nacer, es criado en la Casa de Niños Expósitos, hasta que, a los siete años es recogido por la familia Chinchella. Concurre a la Escuela dirigida por el dramaturgo José Berrutti (1897). Inicia estudios en el Conservatorio de Pezzini-Sttiatessi asistiendo a las clases vespertinas de pintura impartidas por Alfredo Lazzari. En esos años se vincula con el clima artístico del barrio y conoce a Fortunato Lacámera, Guillermo Facio Hebequer, Juan de Dios Filiberto y Santiago Stagnaro que se convertirán en sus grandes compañeros.
En 1914 participa en el Primer Salón de Recusados y en 1916 aparece en la revista Fray Mocho el primer artículo que comenta su obra. En 1918 lleva a cabo su primera exposición individual en la galería Witcomb. Ese mismo año, por medio de Facio Hebequer conoce a Pío Collivadino, quien lo estimula a continuar con su labor identificándolo como el pintor de La Boca y su puerto.
En 1920, recibe el Tercer Premio del Salón Nacional con la obra Escenas de trabajo y, durante la década del veinte, expone sus obras en Río de Janeiro (1920); Madrid (1923); París (1926); Nueva York (1928); La Habana (1928); Roma (1929) y Londres (1930).
En los años ´30, Quinquela Martín funda y preside “La Peña” que se realizaba en el hotel Castelar y que fue uno de los centros de reunión de artistas plásticos y escritores.
En 1933 compra el terreno que dona al Estado para la construcción de la Escuela-Museo Pedro de Mendoza, que se inaugura en 1936, y el Museo de Bellas Artes de La Boca que comienza a funcionar bajo su dirección en 1938. En los pisos superiores de este edificio instala su último taller y residencia privada, que hoy es parte del museo.
En 1935 realiza numerosos trabajos en cerámica, entre los que se cuentan Desfile del Circo y Saludo a la Bandera, que pertenecen al patrimonio de la Escuela-Museo de la Boca, al Hospital Santojanni y al Lactario Municipal Nº 2.
Quinquela hace otras donaciones y cede terrenos para distintas instituciones de carácter educativo, como la actual Escuela de Artes Gráficas Armada Argentina y el Colegio Industrial, que se inauguran en 1950. Entre 1957 y 1968 construye el Teatro de la Ribera, que inicia sus actividades en 1971. En 1959 se abre el Instituto Odontológico Infantil, actualmente Hospital Municipal de Odontología Infantil Don Benito Quinquela Martín.
Hacia 1939 se dedica al aguafuerte y graba una serie de alrededor de 60 planchas, representando el trabajo en el puerto.
En 1943 es elegido miembro de la Comisión Directiva del Círculo de Bellas Artes y expone en el Museo Provincial de Bellas Artes de Tucumán. Realiza una exhibición individual en la galería Witcomb (1944). En 1948 crea la Orden del Tornillo, de la que será Gran Maestre. En 1949 expone en Mendoza y en La Plata. En 1953 participa con su obra en la inauguración del Museo de Bellas Artes de Bahía Blanca.
Conjuntamente con Victorica, organiza en 1950 una retrospectiva de Lazzari, en la galería Witcomb.
En 1955 se presenta en el Museo Provincial de Bellas Artes “Emilio A. Caraffa” con el patrocinio del gobierno de Córdoba. Al año siguiente realiza una muestra en el Palacio Municipal de Tres Arroyos. En 1959 expone en el Salón Dorado del Palacio Municipal de La Plata, ocasión en la que el municipio adquiere una obra para Museo Municipal de Bellas Artes de esa ciudad. En agosto de 1961 expone de manera individual en la Galería Witcomb de Buenos Aires y en 1964 participa de la XVIII Muestra Itinerante de Artistas Plásticos Nacionales, de Retiro a Jujuy, realizada en el tren Cinta de Plata.
En 1972 es nombrado Miembro Honorario de los claustros de la Universidad de Buenos Aires. En 1974 recibe el homenaje del Fondo Nacional de las Artes y se realiza una retrospectiva de su obra en las Salas Nacionales de Exposición (Palais de Glace).
Quinquela fallece en Buenos Aires, el 28 de enero de 1977.
Su obra forma parte del Museo de Bellas Artes de la Boca; el Museo Nacional de Bellas Artes de Buenos Aires; el Museo Colonial de Bellas Artes de Corrientes; el Museo Municipal de Bellas Artes “Juan B. Castagnino” de Rosario; el Museo Provincial de Bellas Artes “Rosa Galisteo de Rodríguez” de Santa Fe; el Museo de Bellas Artes de Paraná, Entre Ríos; el Museo de Artes Plásticas de Mercedes. San Luis; el Museo Provincial de Bellas Artes de Mendoza; el Museo Hispanoamericano Dámaso Arce de la ciudad de Olavarría, provincia de Buenos Aires.
Asimismo, se halla representado en el Museo Nacional Centro de Arte Reina Sofía de Madrid; el Museo de Luxemburgo de París; el Museo Metropolitano de Arte de Nueva York; la Galleria Nazionale D'Arte Moderna de Roma; el Palacio de Guanabara y el Museo de Bellas Artes de Río de Janeiro; los museos británicos de Birmingham, Cardiff y Sheffield, entre otros; el Museo Otago de Nueva Zelandia; el Museo de Bellas Artes de Santiago de Chile; el de Bellas Artes de Montevideo; el Museo de Bellas Artes de Jerusalén, etc.